Come avverte l'autore (Robert M. Pirsig) in una nota, il libro "non va in alcun modo assimilato al vasto corpo di darti relativi alle pratiche ortodosse del buddhismo Zen. E neppure va associato troppo strettamente con la realtà pratica delle motociclette". Lo Zen e l'arte della manutenzione della motocicletta, infatti, non sono altro che spunti, punti di partenza per i "Chauatua" portati avanti dall'autore alla ricerca della Qualità durante un viaggio attraverso l'America. Il viaggio è quasi scontro generazionale, tra il padre e Chris, è dissidio interiore, tra il protagonista-narratore e il suo alter-ego Fedro, ucciso da un elettroshok, ma soprattutto è occasione per una doppia ricerca: quella pratica, attraverso i parchi, i canyon e le montagne, lungo le strade secondarie - "ci preoccupiamo più di come passiamo il tempo che non di quanto ne impieghiamo per arrivare" -, a cavallo di una motocicletta la cui manutenzione è esperienza razionale, organizzazione di un "sistema di concetti realizzato in acciaio", e quella teorica, la ricerca di un modo di concepire il mondo che unifichi "intelligenza classica" e "intelligenza romantica". Ciò è possibile solo con una lotta con il "fantasma della razionalità" e la "Chiesa della Ragione" (il College), poiché "quello che non va nella tecnologia è che non ha nessuna connessione con la sfera spirituale né con quella affettiva". Le due intelligenze, i due modi di quardare alla realtà, le due sfere sono infatti legate e comprese dalla Qualità, che è nel contempo la realtà scientifica e il fine dell'arte. Il viaggio è una continua ricerca della sua definizione e delle sue caratteristiche, che si intreccia tra i flashback narrativi e i confronti teorici con le tesi dei principali pensatori dell'Occidente - Socrate, Platone, Aristotele, Cartesio, Newton, Hume, Kant, Hegel, Poincaré - ma anche con i modelli di pensiero delle filosofie orientali e dell'epica greca, e, come le strade secondarie delle colline americane, rischia continuamente di portare il protagonista lungo strade senza uscita, di costringerlo a tornare sui suoi passi, o ad allontanarsi dal figlio Chris, o a cambiare del tutto percorso, fino ad avvistare da lontano il mare della baia di San Francisco.

Il viaggio continua, ma stavolta a bordo di una barca a vela. La ricerca è sempre condotta sul filo della follia e a oltrepassare la border-line non è più Fedro, ma Lila. "An inquiry into values" è diventata "an inquiry into morals", così lo scontro con le Chiese della Ragione e con i luoghi comuni del pensiero si sposta sul piano antropologico, alla scoperta delle due anime dell'America, la matrice indiana e quella, moralista fino all'estremo, vittoriana. Lila è il risultato dello scontro di queste due anime e, rifiutando gli schemi del moralismo. è costretta a rifugiarsi nella pazzia; una pazzia che il protagonista conosce bene, e da cui l'aiuterà ad uscire seppellendo i fantasmi della sua mente.